心得: Sequence database searches via de novo peptide sequencing by tandem mass spectrometry(LuteFisk V.1)

Paper:

Taylor, J. A. and R. S. Johnson (1997). "Sequence database searches via de novo peptide sequencing by tandem mass spectrometry." Rapid Commun Mass Spectrom11(9): 1067-75.

方法概述:
這一篇Paper主要利用de novo sequencing做出來的東西去做peptide identification，裡面的de novo sequencing的方法可以拿出來使用

第一步:將CID的Data匯入到程式:

基本上,Data可以分為兩種,
1.centroided bar plot(有中心點的直方圖)

2.profile data(可以說是原始資料)

如果是屬於第二類的話,則我們要進行以下步驟

1. 五個點的smoothing

2.設定某個local Window(Window大小可以由使用者或者解析度決定),如果local window中的最大點大於所訂的值,則我們可以可以根據weight(沒有說怎麼算)對每個ion訂出M/Z值

如果儀器有測量錯誤的,也可以藉由使用者的設定調校回去

第二個步驟:利用一些對應的表格將ion轉成可能b-ion,並表示出這個轉換好的b-ion mass(這個paper利用N-和C-terminal的evidence list, evidence list就是包含可能的b-ion mass)

理論上,我們不會知道哪些ion會出現在spectrum裡面,因此我們要對於每一個出現在spectrum的ion假設成所有可能的ion type(例如: a,b,c,x,y,z...)

第一步:先將所有的ion假設是b-ion,因此,在圖2中的155,173,184,201,783,800都被假設是b-ion,因此,在N-terminal的evidence list圖(都是要用來表示b-ion)中對於這幾個位置的intensity先給予1或其他加權的值

第二步驟:針對轉換表中b-17和b-18進行轉換

轉換的方法:將所有的ion假設為b-17和b-18, 然後轉換成b ion的質量,如果有出現在原來的spectrum,則將轉換後的b-ion mass寫進或累加到N-terminal的evidence list裡,例如: 如果我們把155.0假設成b-18,則找到的b-ion就是173,而173也確實出現在原始spectrum裡面,則我們要把173(注意! 不是155.0,因為轉換後的才是b-ion,而N-terminal evidence list就是要找b-ion)寫進去N-terminal evidence list並且給予分數(增加intensity); 又例如: 173.1如果是假設成b-17或b-18,轉換成b-ion的質量是190和191,都沒有出現在原始spectrum中,則我們不會把190和191加入N-terminal evidence list中

最後一個步驟:

將N-terminal 和 C-terminal evidence list結合在一起,也就是將圖2中的b 和C結合在一起,X軸就是m/Z,如果在同一個m/z有值的,就累加起來 ; 但是, 有那種切在0的位置或切在最後的位置(就是都沒被切到的)(C- and N-termini者),他們在m/z中的intensity就任意指定

加分步驟:

這個程式會對於某些b-ion(可以與C-terminus差距在某些AA質量的和) 的intensity進行加分

因為對於一個連續的ion series(就是中間可以差距某些AA的質量和)來說, 比較可能是單純從N-terminus接起來或單純從C-terminus接起來的機會比是在N-或C-terminus間一直跳動的機會要來的大很多,因此,有這樣連續的情形我們會考慮為是單純從C-或N-terminus接起來

註明:

我們可以從N-terminal開始取下一個一個AA(或者dipeptides),取到最後的長度可以由使用者決定, 由於我們可能取下很多subsequence(這些subsequence的分數可以由他們b-ion的intensity總和來得到),根據他們的分數(分數也代表這個sequence的可能性)來決定選取或丟棄

如果找出的subsequence符合peptide的mass,則完整的sequence就會拿來做排名