心得:Automated Interpretation of High-Energy Collision-Induced Dissociation Spectra of Singly-Protonated Peptides by SeqMS a Software Aid for De(SeqMS)

SEQMS
這一篇Paper的作法:

這一篇方法並不複雜 , 主要是考慮到許多化學的特性在裡面, 因此利用這些特性(包含各種特性出現的機率)來算出正確的Sequence

主要方法流程:

全部轉成b-ion的Graph, 根據轉換前的ion-type之機率累加在圖論中各個連接線之間的分數(如何算出分數詳見裡面的公式-->P1869中的 scoring method
和利用Table 1的轉換表和機率表); 最後選出分數最高的sequence

附註:
因 為有一些immonium ions是在b-和y-ion會同時發生, 例如: 在m/Z 72出現的時候, 我們可以說是val的immonium ion(因為immonium ion中是會把CO都切掉,但是切掉後會帶一個正電,因此,會是= Total AA mass+ H -CO=S-27)或者N-terminus帶有Ala的peptide所引起的(如果b-ion只有Ala, 則算法=Ala mass+1=72.04); 為了避免有以上的情況,就是相衝的情形,因此,我們把b和y-ion的最小值設在129和147(這個不知道為何這樣設)

P1869中的 scoring method

列出符號所代表的意思:
P: 代表在table中出現的機率(Probability)
B: 代表在table中出現的Bounus
Xr: 代表對於在圖論中推論出每個residue之比重因子(列於table 2: 注意! 這個table對各種AA的各種ion的各種type都有不同的比重)
Mr: 表示在圖論中推論出的residue(為一個AA)之mass

藉 由實際上應該得到side-chain的ion數目跟理論上得到的數目進行比較,來為side-chain進行比重; 也就是說, 實際上對於某個由圖論上所得到的AA來說,如果實際上得到的side chain越多,則越可以證實是這個side-chain,自然比重也越多