想法整理及注意事項

1. 要考慮Spectrum Quality嗎? 用Intensity，Peak密集度或者考慮Random Peak?

2. 要用b-ion或者y-ion或者所有ion算分？如果要用b-ion，要用transformation table或者其他方法？

3. Scoring Function（用來比較Predicted Spectrum和Experimental Spectrum）

A. 僅利用b-ion或y-ion或用全部可能的ion

B. 加入Intensity的概念

C. 加入Random Peak的概念

D. 利用機率對每個AA進行投票（Google概念）

E. 沒有match到的要扣分嗎？（一般要，但GA適合嗎？）（跟IR一樣，如果有not的時候要去掉嗎？）

F. 利用Alignment比較圖譜之間的相似（比較Peak之間差異值的相似性）

G. 利用段與段之間的差異值來跳過某些被跳過的片段

H. 延伸部分tag，中間用GA接

4. 結合不同的方法做出來的結果如果有ambiguity的地方，用GA或其他方法解決